内蒙古大学创建于1957年，是新中国成立后在少数民族地区最早创立的一所综合性大学，在国家高等教育布局中具有重要作用和特殊区域定位。学校于1962年招收研究生，1984年获博士学位授予权。研究生管理机构源于1978年成立的内蒙古大学研究生办公室，1988年成立研究生处，2001年3月成立研究生院(筹)，2010年正式成立研究生院。
现有13个博士学位授权一级学科，24个硕士学位授权一级学科、另有2个硕士学位授权二级学科，15个硕士专业学位授权类别。8个博士后科研流动站，博士硕士学位授权学科涵盖哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、管理学、艺术学等10个学科门类。
生物学入选国家“双一流”建设学科，拥有中国少数民族语言文学、动物学2个国家重点学科，生态学1个国家重点培育学科；生物学、生态学、化学、民族学、中国语言文学（蒙古语言文学）、中国史入选自治区“双一流”建设学科，有18个自治区重点学科、8个自治区重点培育学科。拥有省部共建草原家畜生殖调控与繁育国家重点实验室1个，蒙古文智能信息处理技术国家地方联合工程研究中心1个，另在蒙古学、民族学、生物学、生态学、化学等学科领域设有教育部人文社会科学重点研究基地、教育部重点实验室、教育部工程研究中心等部级重点研究平台11个；有内蒙古自治区重点实验室、工程技术研究中心、人文社会科学重点研究基地等42个（理工科32个、人文社科10个）。在2017年教育部学位与研究生教育发展中心组织的全国第四轮学科评估中，民族学、中国语言文学、生物学、生态学排名进入全国前30%，反映了近年来我校加强学科水平提升所取得的成效，学校学科实力与贡献水平进入新的上升时期。
经过60多年的发展，内蒙古大学熔炼出一支品德高尚、治学严谨、水平较高的研究生导师队伍，现有博士生导师358人，硕士生导师1050人，2014年有3名教授当选为国务院学位委员会第七届学科评议组成员。通过“211工程”、“中西部高校综合实力提升工程”、“‘双一流’建设”及“部省合建”等战略计划，内蒙古大学研究生培养能力显著提升，培养质量不断提高，研究生已经成为学校科研的生力军。共培养毕业博士1047人，硕士21252人，截止2022年，在校博士、硕士研究生共8612人。1999年我校1篇博士论文获全国百篇优秀博士学位论文，2009年、2011年又有2篇博士学位论文获全国优秀博士学位论文提名论文。培养的研究生中，涌现出了大批优秀人才，包括中国科学院院士、知名学者、高级党政领导、优秀企业家，他们在自己的工作岗位上脚踏实地、开拓创新，为国家、自治区的经济社会发展做出了突出贡献。
内蒙古大学坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真落实习近平总书记考察内蒙古特别是考察内蒙古大学重要讲话精神，全面贯彻党的教育路线、方针、政策，落实立德树人根本任务，遵循“双重任务”办学基本方针，秉承“求真务实”校训，弘扬“崇尚真知、追求卓越”的内大精神，扎根边疆，面向全国，放眼世界，加快推进“双一流”建设和“部区合建”工作，办好特色鲜明的一流大学，为国家和地方经济社会发展作出更大贡献！